Quy trình thanh tra thuế, kiểm tra thuế tại doanh nghiệp năm 2024

Trong bối cảnh kinh tế ngày càng phát triển, việc hiểu rõ về thanh tra thuế và kiểm tra thuế trở nên vô cùng quan trọng đối với doanh nghiệp. Bài viết này sẽ cung cấp cho bạn cái nhìn đầy đủ nhất về quy trình, quy định và những điều cần biết khi tiến hành thanh tra và kiểm tra thuế. Hãy cùng Safebooks khám phá những thông tin hữu ích này để nắm bắt rõ hơn về quy định thuế và cách thức hoạt động của cơ quan thuế, giúp doanh nghiệp của bạn tuân thủ tốt hơn với luật thuế và tối ưu hóa hiệu quả kinh doanh.

1. Phân biệt thanh tra thuế và kiểm tra thuế

2. Quy trình thanh tra, kiểm tra thuế tại doanh nghiệp

2.1 Quy trình thanh tra thuế

Quy trình thanh tra thuế mới nhất hiện nay được thực hiện theo Mục II Phần II Quyết định 1404/QĐ-TCT năm 2015, quy trình thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện như sau:

Giai đoạn 1: Chuẩn bị và quyết định thanh tra.

Bước 1: Tổ chức thu thập tài liệu, phân tích để xác định nội dung cần thanh tra

Bước 2: Ban hành quyết định về việc thanh tra

Bước 3: Thông báo công bố quyết định thanh tra

Giai đoạn 2: Tiến hành thanh tra

Bước 1: Công bố Quyết định thanh tra thuế

Bước 2: Thực hiện thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế

Bước 3: Lập biên bản thanh tra

Vào ngày 14/7/2023, Tổng cục Thuế đã ban hành Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023, cập nhật Quy trình kiểm tra thuế. Theo đó, việc lựa chọn doanh nghiệp để đưa vào kế hoạch thanh tra tại trụ sở doanh nghiệp sẽ căn cứ vào kết quả xếp hạng rủi ro từ cao xuống và kết hợp xem xét lựa chọn doanh nghiệp đã quá 05 năm chưa được thanh tra, kiểm tra thuế.

2.2 Quy trình kiểm tra thuế  

Quy trình kiểm tra thuế mới nhất được thực hiện theo Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023 do Tổng cục Thuế ban hành vào ngày 14/7/2023.

Theo đó, việc lựa chọn doanh nghiệp để đưa vào kế hoạch thanh tra tại trụ sở doanh nghiệp sẽ căn cứ theo kết quả xếp hạng rủi ro từ cao xuống và kết hợp xem xét lựa chọn doanh nghiệp đã quá 05 năm chưa thanh tra, kiểm tra thuế.

Việc kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế sẽ bao gồm 02 giai đoạn:

Giai đoạn 1: Chuẩn bị kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế:

• Ban hành Quyết định kiểm tra.
• Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải được gửi cho người nộp thuế chậm nhất là 03 ngày làm việc kể từ ngày ban hành Quyết định.
• Trước khi công bố Quyết định kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải phân công các thành viên trong đoàn thực hiện kiểm tra từng phần việc theo nội dung ghi trong Quyết định kiểm tra theo mẫu số 07/QTKT ban hành kèm theo quy trình kiểm tra thuế.

Giai đoạn 2: Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế:

• Công bố Quyết định kiểm tra thuế.
• Thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
• Lập biên bản kiểm tra thuế.
• Xử lý kết quả kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế.
• Ghi nhật ký kiểm tra.
• Giám sát đoàn kiểm tra.
• Theo dõi, đôn đốc thực hiện kết quả sau kiểm tra.

Trường hợp cơ sở dữ liệu, ứng dụng công nghệ thông tin của cơ quan thuế, người nộp thuế đáp ứng được yêu cầu làm việc theo phương thức giao dịch điện tử, làm việc trực tuyến thì đoàn kiểm tra và người nộp thuế có thể thực hiện kiểm tra bằng phương thức giao dịch điện tử, làm việc trực tuyến hoặc kết hợp các phương thức làm việc trong kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (làm việc trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế, làm việc theo phương thức điện tử, làm việc trực tuyến). Việc làm việc theo phương thức giao dịch điện tử, làm việc trực tuyến cũng được khuyến khích.

3. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì cho thanh tra, kiểm tra thuế

Sau khi nhận được thông báo, quyết định của cơ quan thuế về việc thanh tra thuế, kế toán cần chuẩn bị các loại hồ sơ sau:

3.1 Hồ sơ pháp lý cần chuẩn bị 

Kế toán tiến hành rà soát, kiểm tra lại các hồ sơ pháp lý của công ty và các công văn đi, đến liên quan đến pháp lý, thuế.

3.2 Sắp xếp chứng từ gốc 

Kế toán sắp xếp chứng từ gốc hàng tháng theo thứ tự trong Bảng kê thuế đầu vào, đầu ra đã nộp hàng tháng, hàng quý. Mỗi bộ chứng từ phải đầy đủ các giấy tờ chứng minh nghiệp vụ kế toán phát sinh (hóa đơn, hợp đồng, biên bản nghiệm thu thanh lý, phiếu xuất nhập kho,…). Tất cả chứng từ phải có đầy đủ chữ ký của những người có liên quan.

Lưu ý: Kế toán nên kiểm soát hồ sơ, chứng từ chặt chẽ, đảm bảo đầy đủ và đúng quy định mới thực hiện thanh toán, hạch toán.

3.3 Kiểm tra lại hạch toán nghiệp vụ kế toán trên phần mềm 

Trên cơ sở kiểm tra các loại hóa đơn, chứng từ gốc, kế toán đồng thời kiểm tra lại việc hạch toán các nghiệp vụ kinh tế phát sinh trên phần mềm và tiến hành đối chiếu với các hóa đơn trên Cổng thông tin điện tử Hóa đơn điện tử.

3.4 Sắp xếp các báo cáo đã nộp cho cơ quan thuế 

Kế toán tiến hành sắp xếp các loại báo cáo đã nộp theo năm. Hồ sơ phục vụ thanh tra thuế chủ yếu gồm các loại báo cáo sau:

• Tờ kê khai thuế GTGT hàng tháng;
• Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn;
• Báo cáo thuế TNDN tạm tính hàng quý;
• Báo cáo tài chính;
• Quyết toán thuế TNDN, TNCN, hoàn thuế,… theo từng năm.

Với các loại sổ sách, kế toán những sắp xếp theo năm và in đầy đủ các loại sổ sách theo quy định.

3.5 Sắp xếp các loại hợp đồng 

Kế toán tiến hành sắp xếp hợp đồng kinh tế đầu vào, đầu ra riêng theo thứ tự thời gian phát sinh.

Kiểm tra các biên bản, giấy tờ của từng hợp đồng nếu có như biên bản nghiệm thu, thanh lý hợp đồng, các loại biên bản bàn giao,…

Ngoài ra, các loại hợp đồng khác phải chuẩn bị như hợp đồng lao động (bao gồm phụ lục đi kèm), hợp đồng giao khoán công việc, các quyết định bổ nhiệm, điều chuyển công tác hoặc tăng lương. Chú ý sắp xếp và chuẩn bị cả hồ sơ nhân sự đi kèm theo các hợp đồng lao động đã ký.

Các loại hợp đồng thuê ngoài như thuê máy móc thiết bị, vận chuyển,…

3.6 Kiểm tra sổ phụ ngân hàng 

Kế toán kiểm tra xem đã chuẩn bị các sổ phụ ngân hàng hàng năm hay chưa.

3.7 Các loại kiểm tra khác 

Ngoài các loại hồ sơ, chứng từ và hợp đồng trên, kế toán phải tiến hành kiểm tra các loại hồ sơ sở:

• Kiểm tra và đối chiếu giữa sổ chi tiết với sổ cái tài khoản;
• Kiểm tra đối chiếu các nghiệp vụ kinh tế phát sinh so với sổ định khoản như hóa đơn đầu ra, hóa đơn đầu vào và sổ kế toán;
• Kiểm tra đối chiếu công nợ khách hàng đã có đầy đủ các đối chiếu hết công nợ với khách hàng;
• Kiểm tra các khoản chi phí phải trả;
• Kiểm tra dữ liệu nhập và khai báo thuế giữa hóa đơn đầu vào, hóa đơn đầu ra với bảng kê khai thuế;
• Kiểm tra đầu vào và đầu ra đã trùng khớp/không chênh lệch;
• Kiểm tra chữ ký trên các hóa đơn, chứng từ đầy đủ.

4. Các câu hỏi thường gặp

4.1 Kiểm tra viên thuế làm gì?

Kiểm tra viên thuế là người được Nhà nước chỉ định để thực hiện các nhiệm vụ liên quan đến thuế, bao gồm việc kiểm soát việc thu thuế và việc nộp thuế.

Có nhiều cấp bậc khác nhau trong ngành kiểm tra thuế, bao gồm:

• Kiểm tra viên thuế cấp cao
• Kiểm tra viên thuế chính
• Kiểm tra viên thuế
• Kiểm tra viên thuế trung cấp

4.2 Cách hạch toán giảm lỗ sau khi kiểm tra thuế?

Chú ý: Nếu doanh nghiệp có sự giảm lỗ sau khi có quyết định thanh tra thuế, doanh nghiệp cần thực hiện việc điều chỉnh giảm lỗ như sau:

Dựa vào Khoản 2 Điều 9 của Thông tư 78/2014/TT-BTC: “Doanh nghiệp sau khi quyết toán thuế mà bị lỗ thì chuyển toàn bộ và liên tục số lỗ vào thu nhập (thu nhập chịu thuế đã trừ thu nhập miễn thuế) của những năm tiếp theo. Thời gian chuyển lỗ tính liên tục không quá 5 năm, kể từ năm tiếp sau năm phát sinh lỗ”

Theo đó:

Kế toán không cần phải điều chỉnh, thêm hay xóa bất kỳ một bút toán nào của các năm giảm lỗ theo kết quả kiểm tra các chi phí phát sinh bị xuất toán vì đã có quyết định thanh tra thuế.

Kế toán cần xác định lại số lỗ theo quyết định thanh tra để làm căn cứ giảm lỗ và chuyển lỗ cho các năm tiếp theo dựa theo số chênh lệch lỗ giữa kết quả kiểm tra với sổ sách để làm căn cứ chuyển lỗ trên phụ lục chuyển lỗ mẫu 03-2A/TNDN của tờ khai quyết toán TNDN năm. Số lỗ tự động chuyển sang chỉ tiêu [C3a] Lỗ từ hoạt động SXKD được chuyển trong kỳ số chênh lệch lỗ chưa chuyển hết sẽ là số lỗ còn được chuyển tiếp.

Số lỗ được chuyển lỗ 05 năm theo luật thuế TNDN bắt đầu từ năm tiếp theo của năm phát sinh lỗ là hết hạn chuyển lỗ theo luật thuế TNDN.

Quá thời hạn 5 năm kể từ năm tiếp sau năm phát sinh lỗ, nếu số lỗ phát sinh chưa chuyển hết thì sẽ không được chuyển vào thu nhập của các năm tiếp sau.

4.3 Hạch toán sau kiểm tra thuế là gì?

Hạch toán sau kiểm tra thuế là quy trình ghi chép các khoản thuế được truy thu và phạt sau khi cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra và tìm ra các lỗi trong việc nộp thuế của doanh nghiệp. 

Sau khi thanh tra, kiểm tra thuế, doanh nghiệp có thể phải truy thu thuế hoặc nộp phạt. Kế toán cần xử lý các khoản phạt và truy thu này và cũng cần điều chỉnh sổ sách kế toán cho các khoản bị phạt, truy thu.

5. Lời kết

Việc nắm vững quy trình thanh tra thuế và kiểm tra thuế không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng pháp luật mà còn tối ưu hóa hiệu quả kinh doanh. Hy vọng rằng thông qua bài viết này, bạn đã có được cái nhìn tổng quan và sâu sắc hơn về vấn đề này. Hãy tiếp tục theo dõi các bài viết của Safebooks để cập nhật thêm nhiều thông tin hữu ích về thuế và các vấn đề liên quan khác.